El programa dispone de un funcionario capacitado para ayudar a los docentes y discentes en los procesos y flujos de sumisión y comunicación con las Comisiones de Ética en Investigación (CEP). La Disciplina de Posgrado «Bases Metodológicas de la Investigación Científica» dedica parte de la carga horaria al tema «Buenas Prácticas en Investigación Clínica». En relación a la investigación experimental, el Programa tiene la Disciplina específica «MAN5741 – Buenas prácticas anestésicas en investigación experimental» donde el tema es ampliamente discutido.
El Programa somete los proyectos de investigación a la evaluación de cuatro CEP institucionales, conforme el origen del proyecto propuesto:
- Comisión de Ética en Investigación del Hospital das Clínicas de la Facultad de Medicina de la Universidade de São Paulo (CAPPesq): a esta CEP, son actualmente sometidos los proyectos de investigación clínica a ser ejecutados en los Institutos del Hospital das Clínicas, excepto del Instituto del Cáncer. La CEP tiene plataforma digital propia para la presentación de los proyectos y las reuniones de la comisión son quincenales. Hasta la creación del CEP-FMUSP y del CEUA, esta CEP era responsable de la evaluación de todos los proyectos de investigación institucionales.
- Comisión de Ética en Investigación de la Facultad de Medicina de la Universidade de São Paulo (CEP-FMUSP): creada en 2011, a esta CEP son sometidos los proyectos de investigación clínica a ser ejecutados en la Facultad de Medicina, en el Instituto del Cáncer y en instituciones externas a la Universidad que utilizan la CEP institucional. Los profesores que realizarán recolección de datos en otras instituciones deben tener el proyecto de investigación aprobado en la CEP de la institución de origen y también en esta CEP. La CEP tiene plataforma digital propia para la presentación de los proyectos y se reúne quincenalmente para deliberación sobre el análisis previo de los proyectos realizada por los miembros de la comisión. Desde la creación de esta CEP hasta 2013, los proyectos clínicos y los de la CEUA (descrita en seguida) se evaluaron por la misma comisión.
- Comisión de Ética para el Uso de Animales de la Facultad de Medicina de la Universidad de São Paulo (CEUA-FMUSP): con regimiento creado en 2010, esta Comisión de Investigación funcionó en conjunto con la CEP-FMUSP hasta 2013, cuando fue oficialmente desmembrada por determinación de la Comisión Nacional de Ética en Investigación.
- Comisión de Ética en Investigación del Hospital Universitario de la Universidade de São Paulo (CEP-HU): a esta CEP se someten proyectos de investigación que serán realizados en el Hospital Universitario de la Universidade de São Paulo.
Cuando sea necesario, la comunicación con CONEP y ANVISA es realizada a través de los CEPs correspondientes a los Proyectos de Investigación.
Todos los Comités de Ética están compuestos por miembros que se reúnen regularmente y están vinculados a los órganos reguladores competentes. Hasta la creación de la CEP-FMUSP en 2011 y de la CEUA en 2013, CAPPesq era responsable de la evaluación de todos los proyectos clínicos y experimentales en animales. Conforme a la legislación vigente, los proyectos experimentales en animales son todos sometidos a la Comisión de Ética específica (CEUA).
Se orientan a los profesores involucrados en proyectos de investigación clínica a registrar el proyecto en la Plataforma ClinicalTrials.gov al inicio de la recolección de datos.